Увидев в 1885 году в Санкт-Петербурге на выставке новую картину Ильи Репина «Иван Грозный и его сын Иван 16 ноября 1581 года», которая потом стала известна под упрощенным названием «Иван Грозный убивает своего сына», обер-прокурор Святейшего Синода и русский мыслитель Константин Петрович Победоносцев был крайне возмущен ее сюжетом, в котором вымысел выдавался за факт, и написал императору Александру III: «Нельзя назвать картину исторической, так как этот момент… чисто фантастический».
Между тем факт убийства царем Иоанном Васильевичем Грозным своего сына царевича Иоанна до недавнего времени казался бесспорным. И никто не задумывался, откуда попал этот факт в историческую литературу. Лишь митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Иоанн впервые опроверг эту клевету на царя в своей книге «Самодержавие Духа», где доказал, что царевич Иоанн умер от тяжелой болезни и что в дошедших до нас исторических документах нет и намека на сыноубийство.
В 1963 году в Архангельском соборе Московского Кремля были вскрыты четыре гробницы: Иоанна Грозного, царевича Иоанна, царя Феодора Иоанновича и полководца Скопина-Шуйского. При исследовании останков была проверена версия об отравлении царя Иоанна Грозного. Ученые обнаружили, что содержание мышьяка примерно одинаково во всех четырех скелетах и не превышает нормы. Но в костях царя Иоанна и царевича Иоанна было обнаружено наличие ртути, намного превышающее допустимую норму. Некоторые историки пытались утверждать, что это вовсе не отравление, а последствие лечения сифилиса ртутными мазями.
Однако исследования показали, что сифилитических изменений в останках царя и царевича не обнаружено. Не были обнаружены в останках царевича и повреждения, которые он мог бы получить от удара отцовским посохом. После того как в 1990-х годах провели исследование захоронений московских великих княгинь и цариц, был выявлен факт отравления той же сулемой матери Иоанна Васильевича Елены Васильевны Глинской (умерла в 1538 году) и его первой жены Анастасии Романовой (умерла в 1560 году). Царская семья на протяжении нескольких десятилетий была жертвой отравителей. Среди преднамеренно убитых – царевич Иоанн. Содержание яда в его останках во много раз превышает допустимую норму.